フラクショナル・レーザーには、大きく分けて、２つの種類があります。一つは、表面が広く削れるもの、もう一つは、ほぼ円柱状に穴を開けるものです。
前者の場合には、レーザーを照射したところには、断面的には、すり鉢状の穴が開くことになります。したがって、より、「削る」といった形式に近く、後者の場合よりも、ニキビ跡に対しては効果が大きいと言えます。しかし、表面が広く削れるということは、表皮が広く削れるということでもあり、その分、ダウンタイムが長くなります。具体的には、アブレージョンとは比べ物にならない程度ではあるのですが、皮膚の赤みが約2週間、持続します。一方、後者の、円柱状の穴を開けるタイプの場合には、効果が少ない分、赤みの発生期間も短く、長く見ても1週間程度です。このタイプのフラクショナル・レーザーは、ニキビ跡の治療ではなく、主に「美肌」を目的として使用され、軽いケミカル・ピーリングと同じ効果と言えます。